幻灵镇魂曲讲述的是主人公是一名普通的日本少年，他在来美国洛杉矶的初中毕业旅游期间无意中卷入了一起黑社会的暗杀事件。幸运的是，由于被发现拥有杀手的天赋，他没有被杀人灭口，而是被消去记忆，并由组织中最强的少女杀手Ein训练成为了超乎常人的杀人机器Zwei。出道后，他的杀手生涯似乎很顺利，但很快他就被卷入了黑社会内部的血腥斗争之中。为了自己和所爱之人的未来，Zwei必须做出种种抉择。