黑杰克，本名“间黑男”。从小父亲离异，留下母亲独自照顾他。某日与母出游，因为工程商的人为疏失，导致黑杰克误踩未爆弹引起爆炸，秘密组织的BOSS“全满德”已透露黑杰克小时候的意外是由他一手造成的，是他命令手下预先放下炸弹，透过意外，希望本间医生应用他组织的高强技术在黑杰克身上。)母亲送医后不治，他也受重伤濒临死亡。幸亏本间丈太郎医师的高明医术救活了他。当下，他立下了两个志愿：成为像本间医师一样的一流外科医师与报复杀死母亲的工程商…… 动画版中他在一次谋杀未遂事件中发现父亲离异是另有隐情，21年前那场事故并不是意外，是一个企图取他性命的神秘组织所为，这一切绝对是和父亲身边的人事物有着关系。 就在此时，黑杰克在恩师本间医师的医院里发现了一张相片，不知为了什么原因，本间医师与父亲一起在相片里，解开谜团的关键就在这张相片，为了揭穿这个巨大的阴谋，黑杰克与皮诺可展开冒险之旅……