2099年，人类开辟新的直达宇宙边缘的太空航道，将地球上所有危险的污染源物体运送到B-25小行星，从而使地球摆脱了被污染毁灭的厄运。人们欢欣鼓舞，开始了下一个百年的建设计划……可人类却没有想到，垃圾污染产生了极端危险的魔兽——煞星与它的部下们。他们准备着复仇，继而侵占地球！ 2099年，地球上一架巨型运输飞船满载着工业垃圾穿过大气层向M78行星飞去，在进入B-25小行星航道时，和煞星派出的魔兽飞船遭遇了，魔兽飞船向巨型运输飞船发起突然攻击，飞船爆炸、无数碎片像陨石流星雨一样洒向地球…… 龙炎、亚奇、吉修和美柯是少年科技中学超生物兴趣研究小组的成员，他们家庭背景不同，性格也不同，由这四个人组成的小组总是争吵不休而不能按时完成研究任务，眼看着小组就要被学校解散了。 暑假期间，龙炎的兴趣小组在亚古力原始丛林里执行最后一次研究任务的时候突然天空中无数火球像流星雨一样洒向丛林（其实是由于煞星的魔兽军团攻击巨型运输飞船所致），龙炎他们只好先躲进一个山洞里，就在山洞里他们发现了先知留下的四部晶码机，在了解晶码机部分功能时，他们分别召唤出各自的晶码兽并相互认识，这时，他们突然遇到了由于煞星军团带来的太空辐射所变异的花脸蝙蝠兽，在他们惊恐万分时，他们的四个宝贝级晶码兽一起出击打败了蝙蝠兽，晶码机指引着他们走到了丛林密室，在那里他们懵懂地了解到了自己的使命，那些带有预言的壁画告诉他们被选召来找到巨大的能量源——四块水晶才能拯救地球，而煞星也在寻找这四块水晶，这场战争的胜败，就在于他们是否能得到这四块水晶。并且有一幅寻找水晶的路线图,孩子们用晶码机将路线图扫描下来。 四个少年一致决定接受选召，共同肩负起拯救地球的使命！就在这时大便的晶码机没有发光并传出声音…… 前面的旅程似乎充满重重危机和不可预知，但晶码战士们已经出发！就这样，龙炎、亚奇、吉修和美柯机缘巧合被命运选中成为晶码战士，并与各自的晶码兽结为战斗伙伴开始冒险的旅程…… 孩子们和他们的圣兽齐心协力、并肩作战，首先打败了由“水污之核”导致由各种动、植物异变的怪兽，最终也打败了独眼魔兽。接着，他们又要对付由煞星派到地球上的犀鳄巨兽以及由它而产生的许多地球变异兽，同时孩子们相继遇到由“土污之核”导致各个生物异变的怪兽，敌人变得更强，他们依靠各自的圣兽升级，最终打败敌人，也打败土污染的罪魁祸首——犀鳄巨兽。冒险更加深入，孩子们又要对付由煞星派到地球上的狸面蛇魔兽以及由它而产生的许多地球变异兽。孩子们相继遇到由“气污之核”导致各种超生物异变的怪兽，怪兽越来越厉害，晶码战士们使各自的晶码兽不断取得更高级的进化，最终打败敌人，也打败了狸面蛇魔兽，在这一部分当中穿插讲述了亚奇背后的故事。 冒险最激烈的阶段，孩子们要对付由煞星派到地球上的黑白巫魔兽以及由它而产生的许多地球变异兽，他们遇到由“光污之核”导致各种机械生物异变的超强怪兽，他们继续使各自的晶码兽取得升级进化，最终打败敌人，也打败了光污染的罪魁祸首——黑白巫魔兽。 晶码战士依靠各自的智慧、团结的力量和必胜的勇气，凭借与晶码兽的默契和胜任，最终打败了强大的敌人相继拿到了四块能量水晶。 众人终于回到了当初自己所在的城市。但是，由煞星的灵魂操控四个魔兽形成四魔兽合体，并且发动了“万恶之核”，晶码战士必须消灭它，否则地球面临灭亡之灾。 在超级晶码战士午马的帮助下，四位晶码战士、四个晶码兽借助四块能量水晶最后完成“晶码融合”——召唤出最强晶码兽“神君圣兽”，传说中的“晶码融合”终于实现了！一番苦战，赢得了最后的胜利。城市都恢复了正常，龙炎的爸爸说出了真相：他是人类的卧底，之前孩子们晶码机上收到的消息，都是他发送的，而午马，正是他从外太空请来的超级晶码战士…… 战斗之后，晶码兽们全部退化回到了初级阶段。地球环境恢复了正常，完成了使命的晶码兽们必须与孩子们道别，回自己的世界进行修复了。众人依依不舍……孩子们也和午马告别了，冷酷的午马在临别的时刻露出了微笑，他说：也许告别正是新征程的开始！说完就和独角兽一起回去了。但，煞星并没有消失！潜在的宇宙威胁随时可能再次爆发…… 晶码战士们各自和家人分享历险的收获与喜悦。看着心爱的家园重新恢复了和平与宁静，四个少年都开心的笑了…… 而人们都说，当晶码机再次发光的时候，晶码兽与晶码战士们就会再次出现，为了拯救我们的地球，英勇斗争！[1] 后来，黑暗势力卷土重来，在晶码世界还没完全恢复的晶码兽强行进行高级进化，提前消耗了水晶的能量。导致水晶陷入沉睡，晶码兽再也无法高级进化了。于是四个少年来到死亡禁地激活水晶，同时晶码兽用自己新的能力——神勇卡，将打败的魔兽一一收进。第一站是月崖谷的暗月之巅，只有亚奇激活了水晶，战胜了傀儡魔术师；第二站是幽蓝森林的水晶洞，美柯和吉修成功激活了水晶；最后一站是火焰祭坛，龙炎激活了最后一颗水晶。 在B-25小行星上，煞星炼成了极污之核，人为改变大十字架的轨道。晶码战士到来后，神君圣兽与裂天巫兽展开了激烈斗争，但神君圣兽处于下风。这时亚奇用小时候快乐的回忆，唤醒了狸面蛇魔兽，狸面蛇魔兽开始进行反抗，最终悲壮地牺牲了自己，被亚虎兽收进神勇卡。神君圣兽终于消灭了煞星，地球又恢复了往日的生机。