序篇维新政府建立后的某一天，在一个小村庄里，剑心遇见了一位美丽的少女神谷熏。交谈中得知有个叫此留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶，阿熏手拿竹刀与之拼命，但不是对手。五兵卫手起刀落，眼看阿熏性命难保，千钧一发之际，一个人影风驰电掣般闪过，五兵卫劈了个空，而阿熏已在一位英俊的红发少年怀中。阿熏见救自己的竟然是一位拿逆刃刀的少年武士，而且还说自己就是杀人无数的刽子手拔刀斋，她很想知道剑心为什么不再杀人，她也很想了解剑心的过去，她希望剑心结束流浪生活，在道场安家，用剑去实现保护受苦受难的人的愿望。阿熏把自己的身世告诉了剑心，她父亲是神谷活心流传人，一直遵循以剑活人，以剑救世的宗旨，剑术高超却从不使用真剑，专门锄强扶弱，幕末乱世中，一名弟子受利益驱使，杀死了她父亲，如今道场解散，门下一个弟子也没有， 但她没有气馁，决心独力支撑大局，并将父亲活人的剑道精神发扬光大，以保护弱者。剑心深深地被阿熏这种不屈不挠的精神所感动，尤其觉得她的志向与自己很相近，于是他决定留下。此后，剑心最真实的感情世界只向一个人敞开，她就是神谷熏。剑心在道场里过着和平宁静的生活。不久，他遇到并解救了命中注定的几位好朋友，一个是明神弥彦，他父亲是士族，因与人有过隙而被杀，死后留下大量债务，追债者要弥彦还钱，弥彦无力偿还，只能去当小偷，后被剑心解救，追债的无赖也被打得落花水。弥彦决心成为像他父亲一样出色的人，于是投身神谷道场门下学习剑术，不过和师傅阿熏是对小冤家。另一个人是相乐佐之助，他自幼父母双亡，是个孤苦零仃的孤儿，后来被维新组织之一的赤埔队收留，相乐队长象父亲一样照顾他，于是他跟随队长姓相乐，并跟随赤埔队四处转战，维新胜利后，政府过桥抽板宣布赤埔队非法，并予以取缔，赤埔队苦战不力，全军覆没，只剩下佐之助和另外一个小孩——阿黑幸免，相乐队长带着佐之助逃到悬崖边，自己冲回去与政府的步枪队肉搏，当场牺牲，佐之助趁乱逃脱。经历这一劫难，佐之助对维新政府恨之入骨，但苦于能力有限，只能找别人打架来发泄怨气，成为远近闻名的小流氓，后被剑心打败并晓以大义，终于明白了相乐队长是为了国家解放，人民幸福而浴血奋战，他的在天之灵是不希望看到自己这样堕落的，于是，他和剑心一道立志要与破坏安定生活的坏人作斗争，走上了正道还有一位叫高荷惠的女子，她的出现曾经令阿熏醋意大生，她因为不满主子强迫她制造鸦片而逃走，终于在剑心那里得到保护……，最后成了远近闻名的名医。有朋友，当然也有敌人。四乃森仓紫，前幕府宫廷间谍组织的首领，当时间谍组织因得宠而势力强大。仓紫更是年少得志，剑术高强。但在与长洲维新派的血战中遭到惨败，最终，逆历史潮流而行的间谍组织土崩瓦解，仓紫因此对维新运动尤其是代表人物剑心恨之入骨。而且，成为最强的人是仓紫毕生的梦想，而当时要得到这一名誉，就是要打败拔刀斋。他要在维新政府眼皮底下重整旗鼓，再建立一支间谍队伍，以此作为挑战剑心，挑战政府的资本。于是他和秘密生产鸦片的商人观柳合作，观柳就是强迫高荷惠制造鸦片的人。但仓紫的计划因为剑心的阻碍和观柳的出尔反尔而失败，反而令苦心培养的部下全部丧命。还有前新撰组的冷血杀手刃卫，尽管不再需要刽子手的时代已经到来，但他凶残的本性没有丝毫改变，他劫持了神谷熏并向剑心挑战，唯一的目的只是为了满足战斗和杀人的欲望，这样的人当然没有好下场。但是，最可怕的敌人还是和剑心同时代的刽子手，志志雄真实……