小小克星第二季主角直枝理树自幼父母双亡，将他从绝望中拯救出来的是枣恭介、井之原真人、宫泽谦吾、枣铃--这群名为「Little Busters」的少年少女们。之后理树自然而然成为了Little Busters的一员，他们挥洒著青春与各种各样的恶势力作斗争，历经了许许多多的事情…与青梅竹马的朋友们一起过著全寄宿制的高中生活。他们依然像以前一样过著快乐的每一天，理树也渴望与伙伴们的日子能够永远持续下去。